Το Κέντρο Φυσικής Ιατρικής και Αποκατάστασης (ΚΕΦΙΑΠ) του Γενικού Νοσοκομείου Ξάνθης ξεκίνησε αρχικά τη λειτουργία του από τον Ιανουάριο του 2002 με έδρα την πόλη της Ξάνθης ως Κέντρο Εκπαίδευσης Κοινωνικής Υποστήριξης και Κατάρτισης Ατόμων με Αναπηρίες (ΚΕΚΥΚΑΜΕΑ) Ν. Ξάνθης. Αποτελούσε Μονάδα Κοινωνικής Φροντίδας του Εθνικού Συστήματος Υγείας και Κοινωνικής Αλληλεγγύης, ήταν Νομικό Πρόσωπο Δημοσίου Δικαίου (ΝΠΔΔ) και λειτουργούσε ως ανοιχτή δομή κοινωνικής φροντίδας που απευθυνόταν σε όλα τα άτομα με αναπηρία και τους συγγενείς αυτών.
Από 1-1-2012 εντάχθηκε ως οργανική μονάδα του Γενικού Νοσοκομείου Ξάνθης και μετονομάστηκε σε Κέντρο Φυσικής και Ιατρικής Αποκατάστασης (ΚΕ.Φ.Ι.ΑΠ.), σύμφωνα με το Ν.4025/2011 (ΦΕΚ 228/2-11-2011/τ.Α΄/Κεφ.Β΄).